Escudo
Uno de los símbolos principales del Colegio San José de los Infantes, es su escudo, emblema característico en la historia de la Institución que fusiona elementos de la naturaleza y espirituales.
Se caracteriza por un diseño muy propio de figuras ovaladas y redondeadas que le imprimen un carácter muy especial. Se cree que fue diseñado por el fundador del establecimiento, el excelentísimo arzobispo y doctor Cayetano Francos y Monroy, cuarto Arzobispo de Guatemala.
Primer elemento, letras circulares
En la parte superior con un tipo de letra muy característico de la época se lee Colegio de Infantes y en la parte inferior Fundado en 1781, resaltando de esa manera el nombre y fundación de la Institución, ambos títulos forman un círculo central, símbolo divino de Dios aquí en la tierra.
Segundo elemento con flora circular
Dentro del círculo formado por el elemento anterior, al lado izquierdo un ramillete con siete lirios que significan los siete gozos del Señor San José, del lado derecho otro ramillete con siete rosas que representan los siete dolores del Señor San José, ambos unidos en sus extremos con un listón azul, dominando el color amarillo en las flores, considerado como el símbolo de la sabiduría y el carácter divino del señor san José. En ese mismo círculo floral, en la parte superior al centro se encuentra una corona en oro del señor san José, dando así el patronato a la institución.
Tercer elemento con figura oval, elementos espirituales
Al centro del círculo floral del elemento anterior, se encuentra un primer óvalo en color rojo dando significado del poder divino, encerrando a su vez otro óvalo en color azul que significa la confianza en el patrono, ambos colores también característicos en los uniformes del establecimiento, en el uniforme de gala en el cordonaje y en la chumpa del uniforme de diario en la manga montada.
Cuarto elemento, elementos de la naturaleza
Uniendo ambos óvalos se encuentran tres conchas que son la conexión de lo espiritual y físico del patrono señor san José con el Colegio de Infantes.
Al centro de ambos óvalos, hay tres volcanes, símbolo de la Sagrada Familia y el mar demarcando el tiempo y espacio de lo sagrado, origen de quienes pasarán a la luz y al orden según los designios de nuestro Dios todopoderoso.
En la parte superior a los volcanes contiene un anagrama con el nombre del patrono José sobre el cielo divino representando universalidad.
Quinto elemento, insignias episcopales
En la parte inferior de los óvalos se encuentra una Mitra celeste, color exclusivo para uso de la liturgia en España y sus virreinatos, en ella se encuentra un Palio arzobispal hecho de lana de oveja, significa el arzobispo es el pastor de una diócesis y cuenta con cinco cruces que significan las cinco llagas de Jesús. El remate del palio en color negro indica que fue electo arzobispo por el propio Papa de la época y llegó al país siendo arzobispo. Cruzados con la Mitra se observa un elemento en forma de cruz que se llama Guion que solo podían utilizar los arzobispos y además representa el catolicismo, el otro elemento que se entrecruza es el Báculo que es utilizado por los obispos únicamente por lo que al unirlos da el nombramiento de arzobispo. Estos elementos unidos indican que el Colegio de Infantes es un establecimiento dirigido por el arzobispado de Guatemala.